"7... A magyar Helytartótanácsnak a hajózásról szóló rendeleteiből és utasításaiból, továbbá a tervrajzokból és vízi térképekből egy lehetőség szerint teljes gyűjteményt kell létrehozni és saját hajózási levéltárat felállítani ..."

   Ez az idézet, amelyben először fogalmazódik meg egy önálló vízügyi szaklevéltár létrehozásának konkrét igénye, a Vízi- és Építészeti Főigazgatóság (Suprema Directio in Hydraulicis et Aedilibus) által 1822. március 19-én kibocsátott utasításból származik. Az ezekben az években újjászervezett Hajózási Igazgatóság részére kiadott ezen rendelkezés nyomán hozták létre a Navigations Archiv intézményét, s ezzel lehetővé vált, hogy a 19. század elején megindult, s a folyók teljes hosszára kiterjedő felmérések során keletkezett nagy mennyiségű térkép valamint írásos anyag megfelelő elhelyezését és kezelését biztosítsák.

   A Főigazgatóság Hajózási Igazgatósága hatáskörébe utalták a hajózás zavartalanságát biztosító feladatok mellett a folyószabályozással, árvízvédelemmel, felmérésekkel és térképezési munkákkal összefüggő tevékenység irányítását is. A munkálatok során egyre növekvő mennyiségű anyag szakszerű kezelésére 1845-ben már külön szakszemélyzetet rendeltek ki. Az itt összegyűjtött térképek értéke - korabeli becslések szerint - ekkor már több százezer forintra rúgott. Minthogy a szintezéseknél a korábban készült helyszínrajzokat is felhasználták, a gyűjteménybe a 18. század végén keletkezett darabok is bekerültek.
   A Főigazgatóság Hajózási Igazgatósága hatáskörébe utalták a hajózás zavartalanságát biztosító feladatok mellett a folyószabályozással, árvízvédelemmel, felmérésekkel és térképezési munkákkal összefüggő tevékenység irányítását is. A munkálatok során egyre növekvő mennyiségű anyag szakszerű kezelésére 1845-ben már külön szakszemélyzetet rendeltek ki. Az itt összegyűjtött térképek értéke - korabeli becslések szerint - ekkor már több százezer forintra rúgott. Minthogy a szintezéseknél a korábban készült helyszínrajzokat is felhasználták, a gyűjteménybe a 18. század végén keletkezett darabok is bekerültek.
   Ezt a levéltári gyűjteményt az 1848-ban megalakult Közmunka- és Közlekedési Minisztérium, majd az abszolutizmus kori építészeti hatóságok vették át, de továbbra is elkülönítve kezelték. A 19. század második felében folytatódó szabályozási munkákhoz ugyanis szükség volt azokra az anyagokra amelyek a korábbi vízrendezési terveket, vízrajzi leírásokat és térképeket tartalmazták. A gyűjtemény együtt maradását éppen ez a nélkülözhetetlen funkcionális szerep biztosította, anyaga a dualista korszakban tovább gyarapodott a Közmunka- és Közlekedési Minisztérium, a Földmívelésügyi Minisztérium, a Kereskedelemügyi Minisztérium felügyelete alatt álló helyi szervek, kirendeltségek irataival.
   Az első világháborút követő időszak vízügyi igazgatásának szerkezetében pozitív változást hozott a szakhivatalok szervezése. Egyes feladatkörök hatékony ellátására létrehozott ilyen jellegű szervezetek között elsőként 1929-ben a Vízrajzi Intézet alakult meg, amely átvette az irategyüttes kezelését és jelentős mértékben tovább gyarapította. A tárgyi csoportosításban rendezett anyag terjedelme a korszak végére mintegy 50 iratfolyómétert tett ki.
   A gyűjtemény 1952-ben a Vízrajzi Intézet jogutódjának, a Vízgazdálkodási Tudományos Kutató Intézetnek birtokába ment át. Az ekkor végrehajtott átszervezésnek sajnálatos eredménye az lett, hogy a gyűjteményt megbontották: a feudális kori iratok a kirendeltségek iratainak egy részével, valamint a térképek többsége a Magyar Országos Levéltárba került.
   Az iratok másfél évtizeddel később újra gazdát cseréltek. Az 1964. évi vízügyi törvény elfogadása után kialakított új vízügyi szervezet keretei között 1968. július 1-ével létrehozták a Vízügyi Dokumentációs és Tájékoztató Irodát, amely örökölte a gyűjteményt, ami az Országos Vízügyi Hivatal egyes jogelőd szerveinek mintegy 140 iratfolyóméter terjedelmű - iratokból és tervekből álló -, anyagával bővült.
   Önálló vízügyi szaklevéltár szervezését az Országos Vízügyi Hivatal Elnöki Kollégiuma 1972. január 10-én hozott döntésével határozta el. A Vízügyi Dokumentációs és Továbbképző Intézet keretei között Vízügyi Múzeum és Szaklevéltár előkészítő csoportot hoztak létre, amely 1972. folyamán hozzákezdett a gyarapítási munkához és átvette az OVH jogelőd szervezeteinek 250 iratfolyóméter anyagát. A szaklevéltári csoport 1972. április 1-től már bizonyos fokú szervezeti önállóságot kapott, de hely és működési feltételek hiányában csak 1975 első felétől kezdődően lehetett hozzáfogni a szervezett munkához: ekkor került a Levéltár jelenlegi épületébe és helyiségeibe.
   Tovább folytatódott az iratok átvétele és durva selejtezése: beszállították az OVH 1965 előtt keletkezett iratait, a megszűnt vízügyi kereskedelmi vállalatok, a tervező és kivitelező vállalatok, majd a vízügyi igazgatóságok és jogelődeik iratanyagát.
   A Levéltár jogi, szervezeti és működési feltételeinek rendezése 1977-ben történt meg, amikor a Kulturális Minisztérium 26 167/1977. IX. számú határozatával hozzájárult, hogy az OVH, a vízügyi ágazat államigazgatási szerveinek, intézeteinek vállalatainak működése során keletkezett és a jövőben keletkező történeti ügyviteli értékű iratai őrzésére, feldolgozására és kezelésére szaklevéltárat létesítsen.
   A Levéltár 1977. február 17-én Országos Vízügyi Levéltár (OVL) elnevezéssel kezdte meg működését. Az OVH felügyelete alatt álló intézmény gyűjtőkörét a föntebb említett szervekre, intézetekre, vállalatokra és társulatokra terjesztették ki, míg a tanácsi felügyelet alatt álló fürdő-, vízmű-, csatornamű vállalatok továbbra is a területi levéltárak illetőségi körében maradtak.
   Az OVL létrehozásával intézményes keretek között lehet biztosítani, hogy a vízügyi államigazgatási és vízgazdálkodási ágazat egymást csak részben fedő szervezeti körbe tartozó szervek nagy mennyiségű és jelentős történeti értéket képviselő iratainak őrzése, feldolgozása, kezelése, feltárása és kutatása korszerű formában valósuljon meg. Végleges megoldást jelent ez arra a problémára vonatkozóan is, hogy a vízügyi szakigazgatási szervek illetőségi köre nem esik egybe a megyei közigazgatási határokkal, ezért a vízügyi igazgatóságok, a társulatok illetékességi körbe tartásának kérdése csak ebben a formációban vált világossá.

A környezetvédelmi és vízügyi igazgatás szétválasztása után 1993-tól fenntartója a Vízügyi Múzeum, Levéltár és Könyvgyűjtemény (VMLK) lett.
A Levéltár fenntartója 1984-ig a Vízügyi Dokumentációs és Továbbképző Intézet, majd 1993 februárjáig a Vízgazdálkodási, későbbi nevén a Környezetgazdálkodási Intézet lett.
1988-ban létrejött a Környezetvédelmi és Vízgazdálkodási Minisztérium, így hamarosan a Levéltár illetékességi és gyűjtőköre is megváltozott, a neve is Környezetvédelmi és Vízgazdálkodási Levéltár lett. Illetékességi és gyűjtőköre 1995-ig, a 1995 évi LXVI. "a köziratokról, a közlevéltárakról, és a magánlevéltári anyag védelméről" szóló törvény kihirdetéséig nem változott.
A törvény állami szaklevéltárakról szóló fejezete így határozott:
" 19§ (1) Állami szaklevéltár a Hadtörténelmi Levéltár, a Központi Statisztikai Hivatal Levéltára és a Vízügyi Levéltár, a Történeti Hivatal, valamint az állam által fenntartott felsőoktatási, tudományos, kulturális vagy egészségügyi szolgáltatást végző intézmény levéltára.
(2) A szaklevéltár illetékességi köre
a) a Hadtörténelmi Levéltár esetében a Honvédelmi Minisztérium és a Honvéd Vezérkar, valamint - a katonai nemzetbiztonsági szolgálatok kivételével - az ezek közvetlen felügyelete vagy irányítása alá tartozó katonai szervezetek,
b) a Központi Statisztikai Hivatal Levéltára esetében a Központi Statisztikai Hivatal és az ennek közvetlen felügyelete alá tartozó szervezetek,
c) a Vízügyi Levéltár esetében a Közlekedési és Vízügyi Minisztérium felügyelete alá tartozó vízügyi szervek,

A Levéltár gyűjteménye 1977-ben került a mai helyére, Újpestre (1044 Budapest, Dunasor 15.) Itt az 1910-es években létesített gyárépületben a Levéltár mintegy 5000 m² -en tárolja és őrzi a környezetvédelmi és vízügyi iratokat, térképeket és terveket.
Az épületet a Duna Menti Regionális Vízmű Rt.-től bérelte 1997-ig a Levéltár, majd megvette.

A levéltári törvényt a 2003. évi CXX törvény a következőképpen módosította :
30.§ (1) A köziratokról, közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvény 19.§-ának (1) bekezdésében a "Vízügyi Levéltár" szövegrész helyébe a "Környezetvédelmi és Vízügyi Levéltár" szövegrész lép.
(2) A köziratokról, közlevéltárakról és a magánlevéltári anyag védelméről szóló 1995. évi LXVI. törvény 19.§-a (2) bekezdésének c) pontja helyébe a következő rendelkezés lép:
[(2) A szaklevéltár illetékességi köre - az Állambiztonsági Szolgálatok Történeti Levéltára kivételével -]
"c) a Környezetvédelmi és Vízügyi Levéltár esetében a Környezetvédelmi és Vízügyi Minisztérium felügyelete alá tartozó szervek,"
[levéltári anyagára, továbbá mindezek jogelődeinek működése során keletkezett levéltári anyagára terjed ki.]